經核准設立之保稅倉庫，應向海關繳納保證金新臺幣三十萬元。但政府機關或公營事業設立者，不在此限。
保稅倉庫經核准自主管理且設立營業滿三年者，保證金為新臺幣三百萬元，未滿三年者，保證金為新臺幣六百萬元。但在管制區或經海關核准自主管理之貨櫃集散站內之保稅倉庫，保證金為新臺幣三十萬元。
自用保稅倉庫存倉保稅貨物涉及之稅費，加計售與課稅區廠商按月彙報先行出倉之貨物涉及之稅費，其金額超過前項規定之保證金額度者，保稅倉庫業者應主動提供足額保證金。
前項自用保稅倉庫專供儲存免稅商店或離島免稅購物商店銷售之貨物者，其保證金準用第二項規定。
市區免稅商店或免稅商店設有預售中心者，其自用保稅倉庫保證金為新臺幣二千萬元。但其預售中心未存儲保稅貨物者，準用第二項規定。
前五項保證金之提供依關稅法第十一條規定辦理。