本辦法依毒性化學物質管理法（以下簡稱本法）第二十八條規定訂定之。

軍事機關運作毒性化學物質之管理，應依本辦法之規定為之。

本辦法所稱運作單位，指實際從事毒性化學物質製造、輸入、輸出、販賣、運送、使用、貯存或廢棄等行為之軍事機關及其所屬部隊、廠（庫）、醫療、學校及研發單位。

軍事機關運作毒性化學物質之管理權責如下：

一、國防部：毒性化學物質管理政策及法規之訂定，並督導所屬毒性化學物質運作單位之管理。

二、國防部陸軍司令部、海軍司令部、空軍司令部（以下簡稱各司令部）、後備指揮部、憲兵指揮部（以下簡稱各指揮部）、軍備局、軍醫局（以下簡稱各局）：

（一）訂定毒性化學物質管理規定與督導。

（二）督導所屬毒性化學物質運作單位，訂定毒性化學物質運作場所危害預防及應變計畫。

（三）督導所屬毒性化學物質運作單位，依規定向直轄市、縣（市）主管機關申報運作紀錄，並報請國防部備查。

運作單位應依中央主管機關公告之毒性化學物質限制許可用途，報請國防部、各司令部（指揮部）或各局核准後，向環境保護主管機關申請取得許可證、登記文件或核可文件後，始得運作。

運作單位使用前條以外之毒性化學物質用途，應報請國防部核准，並副知中央主管機關後，依前條規定辦理。

運作單位製造、使用、貯存、運送第一類至第三類毒性化學物質，運作量達大量運作基準以上者，應依規定設置專業技術管理人員。

第一類至第三類毒性化學物質之運送管理應依毒性化學物質運送管理辦法之規定辦理。

運作單位運作第一類至第四類毒性化學物質之容器、包裝、運作場所及設施，應依毒性化學物質標示及安全資料表管理辦法標示及備具該毒性化學物質之安全資料表。

有關軍事用途之毒性化學物質，得貯存於運作單位內。

環境保護主管機關依本法規定派員至運作單位查核其毒性化學物質之運作情形時，該運作單位應派員陪同。

本辦法自發布日施行。