本法稱修正行政訴訟法者，指與本法同日施行之行政訴訟法；稱舊法者，指修正行政訴訟法施行前之行政訴訟法。

除本法別有規定外，修正行政訴訟法於其施行前發生之事項亦適用之。但因舊法所生之效力，不因此而受影響。

中華民國八十九年七月一日行政訴訟法修正施行前已確定裁判之再審，其再審期間依六十四年十二月十二日修正公布施行之行政訴訟法規定；再審事由，依八十九年七月一日修正施行之行政訴訟法規定。

中華民國九十九年一月十三日修正公布，九十九年五月一日施行之行政訴訟法第一百零六條第四項之應作為期間，屆滿於九十九年五月一日前之事件，其起訴期間三年之規定，自九十九年五月一日起算。

一、原和解係由高等行政法院為之者：由地方行政法院受理繼續審判事件。

二、原和解係由最高行政法院為之者：由最高行政法院受理繼續審判事件。

一、對於高等行政法院之確定判決提起再審之訴或對最高行政法院之判決提起再審之訴而本於行政訴訟法第二百七十三條第一項第九款至第十四款事由聲明不服者：由地方行政法院依修正行政訴訟法審理。

二、對於高等行政法院及最高行政法院所為之第一審、第二審判決提起再審之訴或對最高行政法院判決提起再審之訴而非本於第二百七十三條第一項第九款至第十四款事由聲明不服者：由最高行政法院依中華民國一百零一年九月六日行政訴訟法修正施行前之規定審理。必要時，發交管轄之地方行政法院依修正行政訴訟法審理。

一、對於高等行政法院確定簡易訴訟程序判決聲請重新審理事件及已經法院裁定命重新審理之簡易訴訟程序事件第一審，由地方行政法院依修正行政訴訟法審理。

二、對於最高行政法院確定簡易訴訟程序判決聲請重新審理事件及已經法院裁定命重新審理之簡易訴訟程序事件第二審，由最高行政法院依中華民國一百零一年九月六日行政訴訟法修正施行前之規定審理。必要時，發交管轄之地方行政法院依修正行政訴訟法審理。

中華民國一百零一年九月六日行政訴訟法修正施行前，已繫屬於高等法院之違反道路交通管理處罰條例聲明異議抗告事件，於修正行政訴訟法施行後尚未終結者，由高等法院依一百年十一月四日修正前之道路交通管理處罰條例規定審理。

中華民國一百零一年九月六日行政訴訟法修正施行前，已繫屬於高等行政法院之行政訴訟強制執行事件，未經執行或尚未執行終結者，於修正行政訴訟法施行後，移由地方行政法院辦理強制執行。

一、尚未終結者：由高等行政法院裁定移送管轄之地方行政法院，依修正行政訴訟法審理；其上訴、抗告，適用修正行政訴訟法之規定。

二、已終結者：其上訴、抗告，適用中華民國一百零四年二月五日行政訴訟法修正施行前之規定。

一、對於高等行政法院之確定判決提起再審之訴，或對最高行政法院判決提起再審之訴而本於行政訴訟法第二百七十三條第一項第九款至第十四款事由聲明不服者：由地方行政法院依修正行政訴訟法審理。

二、對於高等行政法院及最高行政法院所為之第一審、第二審判決提起再審之訴或對最高行政法院判決提起再審之訴，而非本於行政訴訟法第二百七十三條第一項第九款至第十四款事由聲明不服者：由最高行政法院依中華民國一百零四年二月五日行政訴訟法修正施行前之規定審理。必要時，發交管轄之地方行政法院依修正行政訴訟法審理。

一、對於高等行政法院確定之第九條第一項事件判決聲請重新審理事件，及已經法院裁定命重新審理之第九條第一項事件第一審，由地方行政法院依修正行政訴訟法審理。

二、對於最高行政法院確定之第九條第一項事件判決聲請重新審理事件，及已經法院裁定命重新審理之第九條第一項事件第二審，由最高行政法院依中華民國一百零四年二月五日行政訴訟法修正施行前之規定審理。必要時，發交管轄之地方行政法院依修正行政訴訟法審理。

一、尚未終結者：由原法官依中華民國一百零四年二月五日行政訴訟法修正施行前之規定審理。其上訴、抗告，適用一百零四年二月五日行政訴訟法修正施行前之規定。

二、已終結者：其上訴、抗告，適用中華民國一百零四年二月五日行政訴訟法修正施行前之規定。

一、已繫屬尚未終結者，移交管轄之地方行政法院。已終結經提起上訴、抗告、再審之訴、聲請再審、請求繼續審判或聲請重新審理者，亦同。

二、已終結而無前款情形者，依法歸檔。

修正行政訴訟法第一百零七條、第二百四十九條關於防杜濫訴及第二百七十三條第四項之規定施行後，於修正施行前已繫屬行政法院之事件，於該審級終結前，不適用之。

修正行政訴訟法施行前已繫屬於高等行政法院之通常訴訟程序或都市計畫審查程序事件，於修正行政訴訟法施行後，依下列規定辦理：

一、尚未終結者：由高等行政法院依舊法審理。其後向最高行政法院提起之上訴或抗告，適用修正行政訴訟法之規定。

二、已終結者：

（一）其向最高行政法院提起之上訴或抗告，適用舊法之規定。

（二）最高行政法院為發回或發交之裁判者，應依修正行政訴訟法第一百零四條之一或第二百二十九條規定決定受發回或發交之管轄法院。受發回或發交之高等行政法院或地方行政法院應依修正行政訴訟法審理。

修正行政訴訟法施行前已因和解而終結之通常訴訟程序事件，當事人請求繼續審判者，由原和解法院受理。

一、尚未終結者：由原行政法院依舊法之規定審理。其抗告，適用修正行政訴訟法之規定。

二、已終結者：其抗告，除舊法第二百三十五條第二項規定外，適用舊法之規定。於修正行政訴訟法施行前已提起抗告者，亦同。

本法施行日期，由司法院以命令定之。